בלימוד המשניות לעילוי נשמה חשוב ביותר להזכיר לפני תחילת הלימוד ולומר בפה כי הלימוד מוקדש לעילוי נשמתו של פלוני בן\ת פלוני.

ישנם מנהגים רבים באשר לפרקי המשניות אותם מומלץ ללמוד. יש הנוהגים ללמוד את פרק כ"ד שבמסכת כלים. בפרק זה מסתיימות כל המשניות במילים "טהור מכלום" ובלימוד פרק זה אנו משלבים מעין תפילה על כך שהנפטר יהיה טהור מכל עוונתיו. המשנה האחרונה בפרק מסתיימת במילה טהור. כביכול אנו אומרים שלאחר שלמדנו את פרק המשניות, עכשיו הנפטר טהור. בכך אנו עושים נחת רוח גדולה מאוד לנשמתו. את סיום הלימוד נוהגים לחתום במשניות ד-ז שבפרק השביעי במסכת מקוואות. האותיות הראשונות מכל משנה מרכיבות יחד את המילה נ.ש.מ.ה. ועל פי הקבלה יש בכך סגולה נפלאה ומיוחדת.

לאחר הלימוד אומרים קדיש שעליו נאמר כי קדיש הנאמר לעילוי נשמה לאחר הלימוד הוא הקדיש המועיל ביותר לנשמתו. ניתן לשכור אדם שילמד את המשניות כל עוד הוא אומר בפה מלא כי הלימוד הוא לעילוי נשמת הנפטר.